Земли муниципального образования город Югорск состоят из земель жилой, общественно-деловой и промышленной застройки, земель инженерных и транспортных инфраструктур, земель сельскохозяйственного использования, земель под военными и иными режимными объектами, земель лесного фонда и прочих земель.
По физико-географическому районированию территория муниципального образования город Югорск входит в состав Кондо-Сосьвинской среднетаежной провинции Обь-Иртышской географической области. По геоморфологическому районированию Сосьвинского Приобья территория муниципального образования входит в область Пелым-Ляминской впадины, область Северо-Сосьвинской возвышенности и область Кондинской впадины.
Рельеф территории муниципального образования город Югорск всхолмленный и представляет собой систему волнообразных холмов с небольшими заболоченными лощинами.
Почвы суглинистые, повсеместное распространение имеют прослои песков, шелко- и тонкозернистых кварцевых, мощностью до 30-35 метров. Прослои и пачки глин мощностью от 2,5 до 8-12 метров обычно имеют линзообразный характер залегания.
Незастроенная часть территории в пределах границы города представляет собой местами заболоченную местность, поросшую лесной и кустарниковой растительностью. Лесная растительность представлена сосной обыкновенной, елью сибирской, кедром, пихтой со значительным участием березы. Видовый состав этих лесов представлен розой иглистой, можжевельников, багульником, брусникой, хвощами и другими видами.
Заболоченность – характерная черта территории города Югорска. Наиболее распространены верховые и сфагновые болота.